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Les 715 000 tonnes annuelles d'excédents d'azote apportés annuellement aux milieux naturels représentent ainsi la masse d'une pollution transférée de l'agriculture et de l'élevage vers les ressources et milieux aquatiques et marins. Sur les bases précédentes de coûts unitaires de traitement, l'élimination complet de cette pollution azotée pour maintenir ces milieux dans leur état actuel représenterait une dépense annuelle de traitement comprise entre 50 et 76 milliards d'euros.
Sur la base des concentrations moyennes du SEQ pour les eaux de surface, nous pouvons estimer les quantités de pesticides diluées dans les flux annuels ruisselés dans les rivières ou écoulés des nappes à la mer, soit environ 74 tonnes par an : respectivement environ 48 tonnes par les rivières et 26 tonnes transférées des nappes à la mer.
Le coût de traitement de ces apports annuels de pesticides aux eaux de surface et côtières se situerait dans une fourchette de 4,4 à 14,8 milliards d'euros.
Au total, le coût annuel du traitement de ces flux annuels d'azote et de pesticides serait compris entre 54 et 91 milliards d'euros.
Le stock des eaux souterraines est grossièrement estimé à 2 000 milliards de m3 en métropole. Sur les bases précédentes, leur restauration aux normes de potabilité impliquerait d'en traiter 14 % pour le dénitrifier et 24,7 % pour en réduire de taux de pesticides. Ce qui correspond grossièrement à l'élimination de 7 millions de tonnes de nitrates et 526 tonnes de pesticides. Pour les pesticides l'élimination des 19 tonnes suffirait pour respecter le seuil de concentration de 2 μg/l de pesticides de la directive eaux souterraines sur les 0,7 % d'eaux les plus polluées, dont la concentration moyenne ne baisserait que de 3,35 μg/l34 à 2μg/l, soit un abaissement de 1,35 μg/l. Ceci ne constituerait en aucun cas une véritable restauration de l'état initial, ou l'atteinte du niveau de bonne qualité qui suppose des concentrations en pesticides inférieures à 0,1 μg/l pour l'ensemble des eaux souterraines.
En reprenant les externalités précédentes, le coût de dépollution pour les nitrates serait compris entre 490 et 742 milliards d'euros, et le coût de dépollution pour les pesticides serait compris entre 32 et 105 milliards d'euros (dont seulement 7 milliards pour le respect de la directive eaux souterraines).
Au total, le coût de dépollution des eaux souterraines serait compris entre 522 et 847 milliards d'euros (hors coûts d'énergie du pompage avant traitement).
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